Что значит «региональный» и «федеральный» уровень надзора?

Это значит кто будет присваивать объекту категорию НВОС и куда подавать отчётные документы:

• Региональный уровень надзора — категорию объекту НВОС присваивает орган исполнительной власти региона в сфере природопользования: местный Комитет/департамент по природопользованию, возможно региональное Министерство природы и т.п. Это наиболее частый вариант
• Федеральный уровень надзора — категорию объекту НВОС присваивает филиал Росприроднадзора. Обычно это происходит с объектами особого контроля и наиболее «значимыми» предприятиями: например все объекты 1-й категории НВОС имеют федеральный уровень надзора.